Я тоже хочу дать совет на эту тему.
Полностью согласна с Tatiana Kir про изменение картинки перед прогоном через программу. Я сейчас делаю "Кони Апокалипсиса" сама, так я там несколько раз исправляла цвета, насыщенность, контраст, причем даже на кусках, а не на всей картинке. Потом прогоняла через РМ и смотрела, может, еще где подправить.
Намного лучше получается вот как. Прогнать через РМ (количество цветов с запасом, но не 90 - это много). Потом удалить из палитры "дикие" цвета (фиолетовый, зеленый, если они не в тему - часто бывают в темных местах картинок). Нажать "подсветить цвет", посмотреть, может, некоторые цвета можно убрать, т.к. их мало на схеме (например, чуть отличающиеся оттенки голубого - оставить один из них).
После "чистки" палитры прогнать картинку через РМ, на шаге выбора количества цветов выбрать опцию "используя палитру" - текущей схемы или из файла.